El Deportivo Cali fue fundado en el año 1912 por los hermanos Nazario, Juan Pablo y Fidel Lalinde, quienes retornaron al país después de estudiar por varios años en Inglaterra, al llegar se reunieron con personajes influyentes de la sociedad caleña, mediante las charlas y el desarrollo de conexiones fundaron el sábado 23 de noviembre de 1912, el “The Cali Football Club”. Este mes el Deportivo Cali cumplió 106 años, a lo largo de estos a conseguido 9 estrellas y en la actualidad es considerado uno de los equipos más fuertes del fútbol colombiano.
En el trascurso de las primeras tres décadas el equipó participó en torneos departamentales y nacionales, su participación fue excepcional, arrasó con sus contendientes; los primeros años de la década de 1940 el Cali desaparece y vuelve en 1945 tras fusionarse con los equipos Aire y sol y Pingüinos, con esta unión nace el “Club Atlético Cali”, posteriormente fue nombrado “Deportivo Cali A” y por último es denominado “Deportivo Cali”, nombre que mantiene hasta la actualidad.
El Deportivo Cali debutó en el año 1948 como equipo profesional ante el Junior en el estadio Romelio Martínez de Barranquilla, al finalizar el encuentro Cali se alzó dos por cero. Los primeros años el equipo gozó de reconocimiento y fue exaltado por sus habilidades, sin embargo, la situación de los equipos para este entonces era difícil, el coste económico del equipo era alto debía tenerse en cuenta el mantenimiento de la plantilla de jugadores, el pago de viajes y otros factores que surgieran a lo largo del año. En la ciudad de Cali para esta época existían tres equipos el América, el Boca Júnior y Cali, la coexistencia de los tres creó tensiones en las directivas de los equipos, esta situación se intensifico en 1956, año en el que el directivo del Boca Junior envía una carta a la Dimayor pidiendo que solo se escogieran dos equipos como representantes de la ciudad, la Dimayor respondió retirando al Deportivo Cali de la escena futbolística por tres años.
En 1959 el Deportivo Cali vuelve con paso fuerte a los campeonatos de futbol nacional y el Boca Junior desaparece; en este año el equipo fue dirigido por Alex Gorayeb, los siguientes años el equipo comenzó a consolidarse como la Asociación Deportivo Cali. La siguiente década el quipo tuvo su mejor momento, obtuvo tres títulos de campeonato en 1965, 1967 y 1969, la estrella número cuatro la obtienen el siguiente año, cuatro años más tarde llegó la quinta, ese mismo año el equipo se destacó por las actuaciones de Pedro Antonio Zape y Aristides Del Puerto. Después de cuatro años el Deportivo Cali llegó a la Final de la Copa Libertadores (1978), convirtiéndose en el primer equipo colombiano en lograrlo, su actuación fue buena, sin embargo, el título fue ganado por el Boca Juniors de Argentina.
Con el paso del tiempo el Cali siguió marcando la escena futbolística del país, aunque no obtuvo un título de campeonato por largo tiempo. En 1996 obtiene la sexta estrella, tras una larga campaña como líder del torneo, ese año el equipo fue dirigido por el técnico Fernando el ‘Pecoso’ Castro, el cual se convirtió el primer técnico colombiano campeón en la institución; la séptima estrella aparece en 1998 bajo el mando del técnico José el ‘Cheché’ Hernández, en el trascurso de la esta temporada destacaron los jugadores azucareros Rafael Dudamel, Mario Yepes, Gerardo Bedoya, Herman Gaviria, Máyer Cándelo y Víctor Bonilla. Más tarde disputó de nuevo la Copa Libertadores (1999), ante el Palmeiras de Brasil, sin embargo, no obtuvo el título, el partido fue terminado con una ronda de penaltis la cual perdió 4-3.
El octavo título de campeonato llegó en 2005, bajo la dirección del técnico Pedro Sarmiento; en el transcurso de esta temporada el equipo fue líder superando al Junior, Once Caldas y América, la final fue ante el Real Cartagena, ganó los dos partidos contra este, como visitante 2-0 y como local 1-0; entre los jugadores destacados de la temporada se encuentran Hugo Rodallega, goleador de la temporada, Álvaro Domínguez, Giovanni García, Blas Pérez, Hernando Patiño y Nelson Rivas. Tras varias buenas campañas el Cali vuelve a obtener el título como campeón en el año 2015, año en el que aparece de nuevo el ‘El Pecoso’ Castro como técnico. La campaña del equipo fue buena ocupando el tercer puesto en la clasificación, la final fue ante el Millonarios de Bogotá; el equipo ganó 1-0 como visitante y 1-1 como local, en el trascurso de la temporada se destacaron los jugadores: Kevin Balanta, Yerson Candelo, Andrés Roa, Helibelton Palacios, Germán Mera, Harold Preciado, Mateo Casierra, Miguel Ángel Murillo y Andrés Roa.
El siguiente año el equipo fue eliminado en la primera ronda de la Copa Libertadores, quedó fuera de la Copa Águila en cuartos de final; la siguiente temporada empieza bien, sin embargo, la segunda parte de la misma decae su rendimiento, al terminar esta el equipo quedó con un total de dos victorias, dos empates y seis derrotas. Cabe resaltar que en los últimos años el equipo ha cambiado constantemente de directivas lo que ha ocasionado cierto desbalance en la institución. En la temporada del 2018, el deportivo ha jugado una campaña buena la cual le abrió paso a la Copa Suramericana de 2019.