El Millonarios Futbol club nace el 18 de junio de 1946, bajo el nombre de Club Deportivo Los Millonarios, sociedad sin ánimo de lucro escriturada en la Notaria N° 3 de Bogotá. Su primera junta directiva la conformaron: Alfonso Senior Quevedo, presidente; Francisco Afanador y Manuel José Bonilla, como vicepresidentes; Oliverio Pulido, tesorero; Manuel Briceño, asesor jurídico y Héctor Donado, secretario. En el trascurso de los 72 años de historia del equipo ha sido como conocido como los “Embajadores del futbol colombiano”, este cuenta con un amplio palmares, en el cual están incluidos los 15 títulos de la liga colombiana (FPC).
Tras su fundación en la Notaria N° 3 de Bogotá, el 18 de junio de 1946, el equipo da comienzo a las actividades, como el reclutamiento de jugadores y la selección del equipo técnico, posteriormente participaron en algunos encuentros deportivos. En 1948, se llevó a cabo el primer partido oficial del futbol colombiano, este enfrentó al Once Caldas y Millonarios, a lo largo de este el Millonarios se impuso terminando el encuentro con un 6 -0, la figura estrella del partido fue el jugador argentino Alfredo Castillo, quien marcó cuatro de los seis goles, más tarde este mismo realiza esta hazaña en partidos frente al Caldas y el Sporting de Barranquilla. El siguiente año se unen al equipo Alfredo Di Stéfano, Néstor Raúl Rossi y Adolfo Pedernera, con estos el equipo enfrento la final de la liga ante el Deportivo Cali, los dos encuentros fueron ganados por el equipo embajador, el primero terminó 1-0 y el segundo 3-2.
Dos años más tarde el equipo tuvo una excelente temporada la cual termina con el enfrentamiento entre este y el Santa Fe, el cual dio por campeón al Millonarios; en el transcurso de la temporada el Millonarios rompe record al mantenerse invicto por 21 fechas consecutivas siendo el primer equipo en lograrlo, la figura de esta temporada fue Alfredo Di Stéfano con 32 anotaciones. El siguiente año el equipo gana la primera Copa Colombiana, convirtiéndose en el primer equipo del país en lograrlo, esto fue posible por la impresionante temporada del equipo la cual termino con el partido ante el Boca Juniors de Cali, en este partido vuelve a sobresalir Di Stefano, siendo nombrado goleador de la temporada. Ese mismo año el Millonarios es invitado al torneo de Bodas de oro por el Real Madrid, obtuvo el triunfo frente a este con un 4-2.
En 1953, el equipo tuvo uno de sus mejores años, tras cambiar de escuadra consiguen su carta estrella de la liga, además es campeón en la pequeña Copa del Mundo de Clubes, hoy conocida como Copa Mundial de Clubes de la FIFA, asimismo se hacen con la segunda Copa Colombiana, al mismo tiempo llevó a cabo al histórico record de 24 fechas invictas el cual se mantuvo hasta 1988. Tras seis años de buenas campañas, sin finales felices llegó la quinta estrella, la final fue ante el Cúcuta, ganando el Millonarios, este triunfo le permitió participar en la Copa de Campeones de América, actualmente Copa Libertadores de América; con la quinta estrella llegó el fin de la era dorada del equipo.
Después de ocho años el Millonarios remonta en la liga obteniendo el sexto título, la temporada terminó con 25 victorias, 12 empates y 7 derrotas, se mantuvo como invicto en 16 fechas (4 junio al 10 de septiembre 1961), ese mismo año debutó el jugador conocido como Delio “Maravilla” Gamboa; el siguiente año vuelve a repetir título tras golear al Deportivo Cali con un 7-0.
La siguiente temporada es coronado campeón de nuevo, en el trascurso de la temporada de 1963 el equipo anotó 102 goles y obtuvo 27 victorias, asimismo, esta temporada es recordada por la máxima goleada del fútbol colombiano, el partido fue ante el Deportes Tolima, al finalizar el encuentro el marcador quedó 8 – 1 ganando el Millonarios. Después de esta temporada el equipo sufre un revés en el trascurso de la temporada de 1964, del cual logró salir y coronarse campeón, cabe resaltar que para este entonces el equipo tuvo tres diferentes técnicos (Carlos Valderrama, Joao Avelino y Efraín Sánchez) lo cual causó cierto desbalance en el equipo.
Los primeros años de la siguiente década el equipo tuvo como técnico a Gabriel Ochoa Uribe, con este obtiene la décima estrella (1972); al finalizar esta temporada el equipo obtuvo 15 victorias. Seis años después consigue la onceava estrella ante el Santa Fe; el siguiente título tomó 9 años, esta temporada estuvo marcada por la participación de estrellas como Arnoldo Iguarán, Prince, el “pájaro” Juárez, Vanemerak, “Gambeta” Estrada y Pimentel. Bajo la dirección de Luis Augusto García, conocido como el “Chiqui” García, ganan la treceava estrella. Para la siguiente década el equipo tuvo altibajos y no logró hacerse con un título, sin embargo, a finales de esta se convierte en el primer equipo en pasar 29 fechas invicto (23 de mayo -21 de noviembre). Dos años después, el equipo obtuvo su primer título internacional al ganar la Copa Merconorte (2001), tras varios años se hacen con la segunda Copa Colombia (2011), ese mismo año se llevó a cabo una asamblea en la cual se cambia el nombre del equipo y se establece una nueva junta directiva, esto se debía a que le equipo a travesaba una dura situación económica que fue dejada por la mala administración de las anteriores directas y los problemas de los nexos con el narcotráfico de numerosos equipos colombianos, entre los cuales están incluidos el América de Cali y el Deportivo Cali, entre otros.
En la última década el equipo obtuvo su decimocuarta y decimoquinta estrella, en los años 2012 y 2017;en 2012 se enfrentó al Real Madrid, el partido marcó la historia del equipo al ser goleado 8-0. En lo corrido del año 2018 el equipo jugo una impresionante temporada que lo dio como ganador de la Súper Liga, tras derrotar al Nacional, el primer partido quedó 2-1 y el segundo terminó con empate 0-0, dando como ganador al equipo embajador.